农村自建房加层是否属于违建，需视具体情况而定。如果业主未向相关部门进行申请报批，或经审批不同意加层，而擅自加层，则属于违章建筑，不受法律保护。违法建设的认定标准是判断是否经过了土地管理部门的批准，以及“规划”是否合法，二者缺一不可。
根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，未经批准进行建设的行为，包括未经批准进行临时建设，未按照批准内容进行临时建设，以及临时建筑物或构筑物超过批准期限不拆除的，都将由所在地城市、县城乡规划主管部门责令限期拆除，并可能面临罚款。如果城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除，建设工程所在地县级以上地方可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
因此，农村自建房加层前，应确保地基能承受新增楼层的重量，并先向当地城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证，获得相关规划部门的批准，按照批准的内容进行建设，这样才能确保加层行为的合法性。
